پس از پیروزی انقلاب اسلامی
تا خرداد ۱۳۵۸ در کمیته انقلاب اسلامی و برخی نهادهای دیگر فعالیت داشت و با انتشار روزنامه جمهوری اسلامی، همکاری فعال خود را با این روزنامه در زمینه‌های مختلف آغاز کرد. در این مدت بنا به دعوت سازمان آمل، از طرف روزنامه به عنوان خبرنگار، سفر ۱۵ روزهای به لبنان و اردن انجام داد که طی این سفر، گزارش تحلیلی جامعی از اوضاع نابسامان مسلمین در آن منطقه تهیه کرد.
در خردادماه سال ۱۳۵۸ موفق به اخذ دیپلم ادبی شد. سپس در امتحان ورودی دانشگاه شرکت کرد و با رتبه صد و چهارم در رشته حقوق قضایی دانشگاه تهران قبول گردید.
او در مدت حضور در محیط دانشگاه، نقش فعال و مؤثری در مقابله با توطئه‌های ضدانقلاب و گروهک ها داشت.
شجاعت و شهامت شهید باقری بسیار بالا و قابل توجه بود. او با توجه به اینکه یک مسئول رده بالای نظامی بود، ولی همراه عناصر اطلاعاتی در شناسایی‌ها شرکت می‌کرد. در صحنه‌های رزم و در خطوط مقدم جبهه و در بعضی از موارد نیز در پشت خط دشمن حضور می‌یافت و حتی در هدایت گروهانها و گردانهای رزمی مستقیماً وارد عمل می‌شد.
شهید باقرى اوایل سال۱۳۵۹ به عضویت سپاه درآمد. ابتدا در واحد اطلاعات مشغول به خدمت شد و در زمینه شناسایى و مقابله با گروهکهاى منحرف و وابسته، فعالیت خود را استمرار بخشید و در این واحد بود که نام مستعار حسن باقرى براى ایشان در نظر گرفته شد.
حضور در جبهه‌های دفاع مقدس
تهاجم دشمن بعثی به مرزهای کشور اسلامی و آغاز جنگ تحمیلی، نقطه عطفی در زندگی شهید باقری بود. با احساس تکلیف در دفاع از اسلام و میهن اسلامی بلافاصله پس از شروع جنگ ، در روز اول مهرماه سال ۱۳۵۹ به همراه عده‌ای از برادران پاسدار راهی جبهه‌های جنوب شد و تا آخرین لحظه حیات، در این سنگر باقی مانده و در بسیاری از صحنه‌های پیروز دفاع مقدس حضور فعال و تعیین کننده داشت.
آغاز جنگ تحمیلی شهید باقری را به عنوان یکی از اولین خبرنگاران عرصه جهاد ، به خطوط مقدم جبهه ها نبرد کشاند. ارتباط تنگاتنگ غلامحسین با صحنه های نبرد علاوه بر خبرنگاری رفته رفته از او فرمانده و نظریه پردازی قدر ساخت .
عمده عناوین فعالیت های وی در صحنه رزم با دشمن عبارتند از:
تاسیس و راه‌اندازی واحد اطلاعات و عملیات رزمی .
شهید باقری از ابتدای ورودش به منطقه جنوب اهواز در پایگاه منتظران شهادت گلف به منظور دستیابی به اطلاعات مناسب از موقعیت دشمن، به جمع‌آوری نقشه‌ها و پیاده کردن وضعیت مناطق عملیاتی روی آنها، اقدام کرد و شخصاً به همراه عناصر اطلاعاتی، جهت کسب اطلاع دقیق از دشمن، به شناسایی محورها و نقاط مورد نظر می‌پرداخت و در برخی از موارد نیز تا عقبه نیروهای دشمن برای ارزیابی توان و استعداد آنها، با چالاکی و شجاعت بی‌نظیری پیش می‌رفت.
فعالیتهای مثبت او در این زمینه با سازماندهی عناصر اطلاعاتی و برگزاری آموزش مختصری برای آنها، منجر به راه‌اندازی واحد اطلاعات عملیات در ستاد عملیات جنوب گلف گردید.
حضور در جبهه های دفاع مقدس
واحدهای اطلاعات عملیات پس از گذشت حدود ۳ ماه از شروع جنگ، در تمامی محورهای جنوب از آبادان تا دزفول با قدرت تمام مستقر شدند و نسبت به شناسایی و تعیین وضعیت دشمن و ارسال گزارش آن اقدام کردند. با این تلاش، اطلاعات چشم فرماندهی در میدان جنگ شد و یکی از ضعفهای بزرگ نداشتن اطلاع از وضعیت دشمن برطرف گردید.
شهید باقری علاوه برا ارائه اطلاعات، توان و استعداد ذاتی بالایی در تحلیل اطلاعات دشمن داشت و اغلب حرکات احتمالی دشمن در آینده را پیش‌بینی می‌نمود و حتی به زمان و مکان آن هم اشاره می‌کرد. از آن جمله پیش‌بینی وی در دی ماه سال ۱۳۵۹ مبنی بر حرکت دشمن جهت الحاق محور شمال – جنوب منطقه سوسنگرد برای ارتباط جفیر و بستان بود. که دشمن در کمتر از یک هفته با نصب پلهای نظامی متعدد و تلاش گسترده این کار را انجام داد.
از اقدامات بسیار موثر شهید باقری که در این دوره پایه‌ریزی شد، بایگانی اسناد جنگ، ترجمه اسناد و بخش شنود بی‌سیم های دشمن بود.
از دیگر فعالیت های وی طراحی گردان های رزمی و تعیین ترکیب سازمان نفرات و تجهیزات و ادوات رزمی و واحدهای پشتیبانی از رزم بود.
معاونت ستاد عملیات جنوب
شهید باقرى به دلیل لیاقت، شجاعت و شهامتى که داشت در دى ماه سال۱۳۵۹ به عنوان یکى از معاونین ستاد عملیات جنوب انتخاب شد و در شکست محاصره سوسنگرد، فرماندهى عملیات امام مهدى(عج)، فتح ارتفاعات الله اکبر و دهلاویه نقش به سزایى داشت و همه این نبردها در شرایطى اجرا مى شد که عملیات منظم نیروهاى خودى با مشکل مواجه شده بود و اغلب بدون نتیجه مى ماند. همه تلاش شهید باقرى و برادران سپاه این بود که ثابت کنند مى توان دشمن را شکست داد.
با برکنارى بنى صدر و با توجه به شرایط سیاسى آن زمان، در اجراى عملیات فرمانده کل قوا شرکت داشت و پس از مجروح شدن سردار رحیم صفوى هدایت عملیات را به عهده گرفت و در این عملیات به عنوان فرماندهى لایق و کاردان شناخته شد.