نحوه شهادت
بعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهادت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.
این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ 63/12/25به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش می‌نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید. هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال می‌دادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپی‌جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست.
او با حبی عمیق به اهل عصمت و طهارت(ع) و عشقی آتشین به اباعبدالله‌الحسین(ع) و کوله‌باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل‌الله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت و در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احصاء دست یافت. شهید باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می‌دانست و تنها به لطف و کرم عمیم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود.
وصیت نامه
عزیزانم! اگر شبانه‌روز شکرگزار خدا باشیم که نعمت اسلام و امام را به بما عنایت فرموده، باز هم کم است. آگاه باشیم که صدق نیت و خلوص در عمل، تنها چاره‌ساز ماست. ...بدانید اسلام تنها راه نجات و سعادت ماست.
... همیشه به یاد خدا باشید و فرامین خدا را عمل کنید. پشتیبان و از ته قلب مقلد امام باشید. اهمیت زیاد به دعاها و مجالس یاد اباعبدالله (ع) و شهدا بدهید که راه سعادت و توشه آخرت است. همواره تربیت حسینی و زینبی بیابید و رسالت آنها را رسالت خود بدانید. و فرزندان خود را نیز همانگونه تربیت کنید که سربازانی با ایمان و عاشق شهادت و علمدارانی صالح و وارث حضرت ابوالفضل (ع) برای اسلام بار بیایند.
شادی ارواح طیبه شهدا به خصوص سردار شهید مهدی باکری صلوات
الـلَّـهــُمَّ صــَلِّ عَـلَـى مُـحَمَــّـدٍ و آلِ مُـحَـمــَّدٍ و عَـجِّـلْ فَرَجَــهم