شهید و دفاع مقدس
به دنبال شروع تهاجم سراسری و ناجوانمردانه عراق، به عنوان نماینده سپاه در اتاق جنگ لشکر ۹۲ زرهی اهواز حضور یافت و در شرایطی که با کارشکنی های بنی‌صدر خائن مواجه بود در سازماندهی نیروها و تجهیز آنها تلاش گسترده‌ای را آغاز کرد. او به لحاظ احساس مسئولیت ویژه‌ای که داشت در برخی مواقع در مناطق عملیاتی حاضر می‌شد و به سر و سامان دادن نیروها می‌پرداخت. در جریان محاصره شهر سوسنگرد توسط عراقیها، با مشکلات زیادی از محاصره خارج شد. بعدها به همراه شهید علم‌الهدی در شکستن محاصره سوسنگرد دلیرانه جنگید. در عملیات فتح‌المبین نیز در قرارگاه لشکر فجر با سردار شهید بقایی که در آن زمان فرماندهی قرارگاه فجر را به عهده داشت همکاری کرد.
مسئولیت یگان حفاظت
بعد از عملیات بیت‌المقدس، از آنجا که جنگ، حالت فرسایشی به خود گرفت و تحرک جبهه‌ها کم شده بود، منافقین و ضدانقلاب در راستای اهداف استکبار جهانی، دست به ترور شخصیتها و افراد موثر نظام و حزب‌الهی‌ها می‌زدند تا نظام را از داخل تضعیف کرده و عقبه جنگ رادچار تزلزل نمایند. ایشان به سپاه منطقه یک مامور گردید و مسئولیت مهم یگان حفاظت شخصیتها را در قم و استان مرکزی به عهده گرفت و با تدبیر و درایت خاص خود و بکارگیری برادران سپاه مخلص و جان برکف، به گونه‌ای عمل کرد که در دوران تصدی فرماندهان ایشان در این مسئولیت، به لطف خدا هیچگونه ترور و سوءقصدی از جانب منافقین و ضدانقلاب در حوزه مسئولیتی او پیش نیامد. پس از یک سال و اندی کار و تلاش صادقانه در جهت حفظ سرمایه انسانی انقلاب، هنگامی که حضرت امام خمینی(ره) در سال ۱۳۶۲ طی فرمانی تاکید خاصی بر حضور افراد در جبهه‌ها نمودند، ایشان بی‌درنگ طی نامه‌ای به فرماندهی، گزارش مشروح فعالیتهای خود را منعکس و ضمن آن بدین‌گونه کسب تکلیف کرد: در شرایطی که مساله اصلی سپاه و طبعاً کشور، جنگ است، آیا ماندن و عدم همکاری با سپاه در جنگ نوعی راحت‌طلبی نیست؟ و ضمن آن، درخواست خود را باتوجه به تجربیاتی که در جنگ اندوخته بود، برای خدمت فعال و حضور در جبهه مطرح ساخت.
راه‌اندازی دوره عالی مالک اشتر
پس از بازگشت مجدد به جبهه، مسئول راه‌اندازی دوره عالی مالک اشتر ویژه آموزش فرماندهان گردان گردید. این اقدام ضروری در جهت آشنایی هرچه بیشتر برادران عزیزی که در جنگ تجارب زیادی را کسب کرده و استعداد فرماندهی را داشتند توسط شهید دقایقی صورت گرفت. ایشان با دقت، یکایک آنها را شناسایی و انتخاب کرد تا ضمن آموزش به اصول و مبانی جنگ و آرایش و تاکتیکهای نظامی، افراد نخبه و توانمند را برای بکارگیری در مسئولیتهای فرماندهی معرفی کند. البته خود ایشان هم در این دوره شرکت کرد. در زمان اجرای طرح مالک اشتر، عملیات خیبر در منطقه عملیاتی جزایر مجنون انجام شد و شهید دقایقی نیز با حضور در این نبرد فراموش نشدنی، فرماندهی یکی از گردانهای خط مقدم را به عهده داشت. بعد از عملیات خیبر به پشت جبهه بازگشت و دوره یاد شده را در تابستان ۱۳۶۳ به پایان رسانید.
پس از مدتی در لشکر ۱۷ علی ابن ابیطالب(ع) در کنار شهید دلاور مهدی زین‌الدین قرار گرفت و در نظم بخشیدن و سازماندهی لشکر، یار دیرینه خود را کمک کرد وبا پذیرش مسئولیت طرح و عملیات لشکر، خدمات ارزنده‌ای را به جبهه و جنگ ارائه کرد.
راه‌اندازی تیپ مستقل بدر
هنگامی که ماموریت تیپ یاد شده به ایشان واگذار گردید همانگونه که شعار همیشگی‌اش در زندگی این بود که هیچ‌وقت نباید آرامش خودمان را دره آرامش مادی بدانیم، برای عملی ساختن و تحقق آن، تلاشی شبانه‌روزی داشت و تمامی قدرت و امکانات خود را وقف انجام وظیفه الهی کرد و با توکل به خدا و پشتکار و جدیت در مدت کوتاهی موفق شد یگان رزم منسجم و قدرتمندی را پایه‌گذاری نماید. نیروهای رزمنده تیپ همه عاشق او بودند. او در قلوب یکایک آنان جا گرفته بود و آنها اسماعیل را از خودشان و جزو جامعه خودشان می‌دانستند و وجودش را نعمت الهی تلقی می‌کردند. او فقط از نظر تشکیلاتی فرمانده نبود، بلکه بر قلوب افراد فرماندهی می‌کرد. درحیطه مسئولیتی او نظارت بر نیروهای تحت فرماندهی امری بدیهی بود. از سرکشی به خانواده‌های شهدا نیز غافل نبود.
ویژگیهای اخلاقی
در مطالعه و بالابردن آگاهی و معلومات خود جدیت خاصی داشت و تا آخر عمر پربرکتش از تحصیل دانش باز نماند. ایشان با استفاده از فرصتی که برایش در قم و استان مرکزی پیش آمده بود، در کنار وظیفه حساس و مهم فرماندهی و حفاظت از شخصیتها و کادرهای انقلاب، به فراگیری ادبیات عرب، تفسیر،اخلاق و تاریخ اسلام پرداخت. انس با قرآن از شاخصترین خصوصیت او بود. حتی در اوج مشکلات و گرفتاریها از تلاوت قرآن نیز غافل نمی‌شد. از همسر محترم ایشان نقل شده که او سالی سه بار قرآن را ختم می‌کرد. روحیه‌ای که بیش از هر خصیصه و صفت دیگر در تمامی مراحل زندگی بدان پایبند بود، پذیرش خطای خود بود. بدین معنی که اگر احساس می‌کرد که با فعل و حرکت خود در رابطه با فردی دچار خطا شده، هرچند که از نظر مسئولیت و شرایط سنی از طرف مقابل خود بالاتر بود، در صدد اعتراف به خطا بر می‌آمد و از آن فرد پوزش می‌طلبید. با افراد مختلف و خطاکار بشدت برخورد می‌کرد و همیشه رعایت جوانب شرعی را در تنبیهات و برخوردها متذکر می‌شد. تواضع و فروتنی او به نقل از همرزمانش چنان مشهود بود که مثل یک بسیجی و یک رزمنده عادی در چادرها زندگی می‌کرد. در کارها به آنان کمک می‌کرد و در برخوردهایش خیلی‌ها تصور نمی‌کردند او فرمانده یگان باشد. در اولین برخورد با او، صفت تواضع زودتر از صفات دیگر جلوه‌گر می‌شد. رزمندگان اسلام او را الگوی واقعی یک انسان مجاهد و وارسته می‌دانستند. با همه مسئولیتهای سنگین و دشواری که برعهده داشت هیچ‌گاه در چهره‌اش آثاری از خستگی یا کسالت ظاهر نبود. لبخند مداوم او در مقابله با سختیها برای همه نیروها درس بود.
نحوه شهادت و فرازی از وصیت نامه
این شهید بزرگوار در عملیات عاشورا و قدس ۴ و همچنین کربلای ۲، ۴ و ۵ در سمت فرماندهی تیپ خالصانه انجام وظیفه نمود و یگان او جزو یگانهای موثری بود که در موفقیت رزمندگان اسلام نقش چشمگیری داشت. بالاخره هنگامی که در عملیات کربلای ۵ برای انجام ماموریت شناسایی، با یک دستگاه موتور سیکلت عازم محور بود در مسیر راه مورد اصابت بمباران هواپیماهای رژیم متجاوز عراق قرار گرفته و به لقای حق می‌شتابد و در اوج اخلاص و ایثار، با نوشیدن شربت شهادت روح تشنه خود را سیراب می‌کند.
فرازی از وصیتنامه
برای شما آرزوی صبر و استقامت و پیگیری اهداف اسلامی را دارم. ان‌شاءالله بتوانید با کار و فعالیت، خود را بیش از پیش وقف راه خدا و اسلام کنید. پیش بردن اسلام در جهان ، جهانی که پر از فسق و فجور و خیانت ابرقدرتهاست. تلاش و ایثار می‌خواهد. در راه امام حسین (ع) ، حضرت سیدالشهداء (ع) ، رفتن، حسینی شدن را می‌خواهد. ان شاء الله در پیروی از راه امام امت خمینی عزیز (ره) که همان راه خدا، قرآن و اهل بیت عصمت و طهارت(ع) است، موفق باشید.
شادی ارواح طیبه شهدا به خصوص سردار سرلشکر پاسدار شهید اسماعیل دقایقی فرمانده لشکر ۹ بدر صلوات
الـلَّـهــُمَّ صــَلِّ عَـلَـى مُـحَمَــّـدٍ و آلِ مُـحَـمــَّدٍ و عَـجِّـلْ فَرَجَــهمْ