پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران
دکتر چمران با پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی ایران، بعد از ۲۳ سال هجرت، به وطن باز می گردد. همه تجربیات انقلابی و علمی خود را در خدمت انقلاب می گذارد؛ خاموش و آرام ولی فعالانه و قاطعانه به سازندگی می پردازد و همة تلاش خود را صرف تربیت اولین گروههای پاسداران انقلاب در سعدآباد می کند. سپس در شغل معاونت نخست وزیر در امور انقلاب شب و روز خود را به خطر می اندازد تا سریعتر و قاطعانه تر مسئله کردستان را فیصله دهد تا اینکه بالاخره در قضیة فراموش ناشدنی پاوه قدرت ایمان و ارادة آهینن و شجاعت و فداکاری او بر همگان ثابت می گردد.
در آن شب مخوف پاوه، همة امیدها قطع شده بود و فقط چند پاسدار مجروح، خسته و دلشکسته در میان هزاران دشمن مسلح به محاصره افتاده بودند. اکثریت پاسداران قتل عام شده بودند و همة شهر و تمام پستی و بلندی ها به دست دشمن افتاده بود و موج نیروهای خونخوار دشمن لحظه به لحظه نزدیکتر می شد. باران گلوله می بارید و می رفت تا آخرین نقطه مقاومت نیز در خون پاسداران غرق گردد. ولی دکتر چمران با شهامت و شجاعت و ایثارگری فراوان توانست این شب هولناک را با پیروزی به صبح امید متصل کند و جان پاسداران باقیمانده را نجات دهد و شهر مصیبت زده را از سقوط حتمی برهاند.
آنگاه فرمان انقلابی امام خمینی(ره) صادر شد. فرماندهی کل قوا را به دست گرفت و به ارتش فرمان داد تا در ۲۴ ساعت خود را به پاوه برساند و فرماندهی منطقه نیز به عهدة دکتر چمران واگذار شد.
رزمندگان از جان گذشته انقلاب، اعم از سرباز و پاسدار به حرکت درآمدند و همه تجارب انقلابی، ایمان، فداکاری، شجاعت،قدرت رهبری و برنامه ریزی دکتر چمران در اختیار نیروهای انقلاب قرار گرفت و عالیترین مظاهر انقلابی و شکوهمندترین قهرمانی ها به وقوع پیوست و در عرض ۱۵ روز شهرها و راهها و مواضع استراتژیک کردستان به تصرف نیروهای انقلاب اسلامی درآمد و کردستان از خطر حتمی نجات یافت و مردم مسلمان کرد با شادی و شعف به استقبال این پیروزی رفتند.
وزارت دفـاع
دکتر چمران بعد از این پیروزی بین ظیر به تهران احضار شد و از طرف رهبر عالیقدر انقلاب، امام خمینی(ره)، به وزارت دفاع منصوب گردید.
در پست جدید، برای تغییر و تحول ارتش از یک نظام طاغوتی، به یک سلسله برنامه های وسیع بنیادی دست زد که پاکسازی ارتش و پیاده کردن برنامه های اصلاحی از این قبیل است تا به یاری خدا و پشتیبانی ملت، ارتشی به وجود آید که پاسدار انقلاب و امنیت استقلال کشور باشد و رسالت مقدس اسلامی ما را به سرمنزل مقصود برساند.
مجلـس
دکتر مصطفی چمران در اولین دور انتخابات مجلس شورای اسلامی، از سوی مردم تهران به نمایندگی انتخاب شد و تصمیم داشت در تدوین قوانین و نظام جدید انقلابی، بخصوص در ارتش، حداکثر سعی و تلاش خود را بکند تا ساختار گذشته ارتش به نظامی انقلابی و شایسته ارتش اسلامی تبدیل شود.
در یکی از نیایش های خود بعد از انتخاب نمایندگی مردم در مجلس شورای اسلامی، اینسان خدا را شکر می گوید:
خدایا، مردم آنقدر به من محبت کرده اند و آنچنان مرا از باران لطف و محبت خود سرشار کرده اند که به راستی خجلم و آنقدر خود را کوچک میبینم که نمیتوانم از عهده آن به درآیم. خدایا، تو به من فرصت ده، توانایی ده تا بتوانم از عهده برآیم و شایستة این همه مهر و محبت باشم.
وی سپس به نمایندگی رهبر کبیر انقلاب اسلامی در شورای عالی دفاع منصوب شد و مأموریت یافت تا بطور مرتب گزارش کار ارتش را ارائه کند.